System od wersji 3.7.1. zawiera funkcjonalność tworzenia pliku JPK_VAT na podstawie wprowadzonych danych.

Dane rejestrowane w ramach rejestrów VAT sprzedaży i zakupów prezentowane są w postaci listy z adnotacjami o przypisaniu do odpowiednich kolumn w pliku JPK_VAT.

Ponadto możliwe jest dopisanie wierszy uzupełniających plik JPK_VAT o dane niezarejestrowane w bazie systemu.

Lista jest podstawą generowania przez system ClearPro pliku JPK_VAT w wymagalnym przez Ministerstwo Finansów formacie xml.

Od wersji 4.0.2. z systemu mozna wygenerować plik JPK_Magazyn, a od wersji 4.0.3. JPK_Faktury.